Com a participação do Brasil na Segunda Guerra Mundial, em 1942, as portas da escola foram fechadas novamente e todo o patrimônio foi confiscado pelo governo. Ao final da Segunda Guerra, a Sociedade Escolar Alemã praticamente não existia mais. Suas propriedades estavam sob a guarda de uma curadora, a antiga professora de português dona Carlota. O terreno e os prédios serviram para os mais diversos fins, seja formação de recrutas das Forças Armadas, seja para cursos de corte e costura para meninas. Uma luta jurídica de mais de dez anos foi iniciada após o término da Guerra, em 1945.