Mit der Teilnahme Brasiliens am Zweiten Weltkrieg, im Jahr 1942, wurden die Türen der Schule wieder geschlossen und das gesamte Vermögen des Schulvereins von der Regierung beschlagnahmt. Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs existierte der Deutsche Schulverein praktisch nicht mehr. Sein Besitz stand unter der Obhut einer Treuhänderin, der ehemaligen Portugiesisch- Lehrerin Dona Carlota. Die Grundstücke und Gebäude wurden für unterschiedliche Zwecke genutzt, unter anderem für die Ausbildung von Wehrpflichtigen der Armee, ebenso fanden aber auch Nähkurse für Mädchen statt. Nach Kriegsende, 1945, begann ein mehr als zehn Jahre dauernder Rechtsstreit.