Em 2006, foram festejados os 90 anos do Colégio Humboldt. Foram criadas as figuras de Alex (Alexander von Humboldt) e Willi (Wilhelm von Humboldt) para acompanhar as crianças nas pesquisas sobre a história do Colégio; uma linha do tempo, comparando a história da escola com a história do Brasil e do mundo; uma exposição fotográfica do desenvolvimento do Colégio; um workshop de fotografia sobre a escola para fazer o calendário; e, por fim, o fechamento solene das festividades e a inauguração da galeria permanente Memória Humboldt.
Em 2009, foi a vez de comemorar os dez anos do Colégio Humboldt no seu novo endereço, em Interlagos. No mesmo ano, o Colégio passou pela primeira inspeção do governo alemão, que certificou o Colégio Humboldt como Escola Alemã de Excelência no Exterior.
Em 2010, foram concluídas as últimas obras que completaram o projeto original do novo Colégio Humboldt. As tão esperadas piscinas, semiolímpica e infantil, com vestiários, além de mais uma sala de ginástica e mais duas salas de aula para a Educação Infantil foram entregues à comunidade escolar.