Im Jahr 2006 wurde das 90-jährige Bestehen des Colégio Humboldt gefeiert. Es entstanden die symbolischen Figuren Alex (Alexander von Humboldt) und Willi (Wilhelm von Humboldt), die von nun an die Kinder bei der Erforschung der Geschichte der Schule begleiteten; eine vergleichende Zeitleiste der Schulgeschichte, der Geschichte Brasiliens und der Welt; eine Fotoausstellung über die Entwicklung der Schule; ein Fotoworkshop über die Schule zur Herstellung des Kalenders, schließlich der feierliche Abschluss der Feierlichkeiten und die Einweihung der Dauerausstellung „Galerie Memória Humboldt“.
Im Jahr 2009 war es an der Zeit, das zehnjährige Bestehen des Colégio Humboldt an seiner neuen Adresse in Interlagos zu feiern. Im selben Jahr unterzog sich die Schule der ersten Inspektion durch die deutschen Behörden, die das Colégio Humboldt als Deutsche Exzellenzschule im Ausland zertifizierte.
Im Jahr 2010 wurden die letzten Arbeiten der ursprünglichen Planung des neuen Colégio Humboldt abgeschlossen. Die lang ersehnten Schwimmbecken, ein Sportbecken im halbolympischen Format und ein Kinderbecken, mit Umkleideräumen, sowie eine Turnhalle und zwei weitere Klassenräume für den Kindergarten konnten der Schulgemeinschaft übergeben werden.