Im Jahr 2012 wurde das EcoHumboldt-Projekt ins Leben gerufen, mit dem Ziel, das Bewusstsein für ökologische und nachhaltige Themen zu schärfen und die Schülerschaft in diesem Bereich zu schulen. Das Thema wurde in allen Jahrgangsstufen bearbeitet, vom Kindergarten bis zu den Oberstufenklassen. Auf dem Schulgelände wurden außerdem Mülleimer aufgestellt, die eine ordnungsgemäße Mülltrennung ermöglichen. Diese Aktivitäten sollen nicht nur dem Recycling dienen, sondern vor allem der Reduzierung und Weiterverwendung von Ressourcen.
Im Jahr 2013 begann im Colégio Humboldt ein Verkehrserziehungsprogramm, AutoHumboldt, das darauf abzielt, die Schüler zu bewussteren Fußgängern, umsichtigeren Radfahrern und in Zukunft zu besseren Autofahrern zu machen.